Die betreffende Datei ist:

../components/com_virtuemart/views/invoice/tmpl/mail_html_shopper.php

Der Betreffende Block zum entfernen ist:

<td width="30%">
        <?php
        if( VmConfig::get('ordertracking','guests') == 'guestlink' or (VmConfig::get('ordertracking','guests') == 'guests' and empty($this->orderDetails['details']['BT']->virtuemart_user_id))){
            echo vmText::_('COM_VIRTUEMART_MAIL_SHOPPER_YOUR_PASSWORD'); ?><br />
            <strong><?php echo $this->orderDetails['details']['BT']->order_pass ?></strong>
        <?php } ?>
    </td>

Die Datei kopieren ändern und als Override unter ../templates/ (Dein Tempalte) /html/com_virtuemart/invoice/ anlegen.